本发明提供了一种分离植物低分子量RNA的方法，主要包括：样品处理，DNA和蛋白质的去除，大分子量RNA的去除，低分子量RNA的获得，低分子量RNA的保存。本发明提取低分子量RNA过程中对DNA、大分子量RNA和低分子量RNA采用分级沉淀，用30%聚乙二醇（PEG）和1/3体积的无水乙醇沉淀DNA和大分子量RNA，用2/3体积的无水乙醇沉淀低分子量RNA，实现低分子量RNA的富集；提取过程中操作简便、所需时间短，是一种简单、经济、高效的提取高质量植物低分子量RNA的方法。